Abdoulaye Guissé a vécu à Berlin de 1986 à 2003. En 2003, il est retourné au Sénégal et a fondé la Galerie Mélentane à Kafountine, un centre culturel où il a organisé le Festival Mélentane et la Biennale Off de Kafountine, mettant en vedette des artistes régionaux et internationaux.
L'œuvre d'Abdoulaye Guissé explore sa réflexion sur son environnement et son attachement à l'humanité sans distinction. Il était certainement l'un des artistes africains les plus engagés à Berlin à son époque. Son travail à Berlin comprenait un travail éducatif dans le cadre de divers projets dans des écoles et autres institutions sociales.
Suite au succès de l'exposition « Soleil d'Afrique » en 1994 à la galerie berlinoise Querformat, il a participé à de nombreuses autres expositions collectives, notamment avec Wolf Vostell et Christo – l'artiste qui a emballé le Reichstag – à la galerie Berliner Zeitung en 1995.
En 1995, Abdoulaye Guissé a participé au projet de Clémentine Deliss « Metronom 3 à Berlin », présenté dans le cadre de DOCUMENTA X à Kassel, et en 1997, il a participé au projet international « BACK-GROUND » avec 16 artistes européens et africains. Ce projet a été réalisé par QUARTS e.V. Berlin en collaboration avec le Goethe-Institut de Dakar et la Friedrich-Ebert-Stiftung de Dakar dans le cadre de la Biennale Dak'Art.
Les œuvres récentes d'Abdoulaye Guissé témoignent d'une nette évolution, passant de la dissolution des formes fortement figuratives du début des années 1990 à des applications de peinture plus abstraites, fortement axées sur la surface, qui ne laissent entrevoir qu'une référence figurative. Cette libération de la forme s'accompagne en partie d'une libération de la surface, l'artiste donnant parfois à ses œuvres une troisième dimension en ajoutant et en intégrant des « objets trouvés » qui confèrent au tableau un caractère d'objet. Ses œuvres sont « africaines », sans que le spectateur puisse en saisir la véritable nature. S'agit-il de la palette de couleurs, souvent inhabituelle pour un regard européen, ou plutôt de la suggestion d'un langage formel archaïque qui résonne sans cesse ?
Abdoulaye Guissé puise ses thèmes dans le monde qu'il côtoie au quotidien : ses rencontres avec les habitants de la grande ville de Berlin, son interaction avec la circulation urbaine, mais aussi l'univers d'une ferme à la campagne – ces impressions sont souvent mêlées aux mythes de sa patrie. Il perçoit les parallèles entre les mondes et les peuples d'Afrique et d'Europe et les place au cœur de ses émotions.
Abdoulaye Guissé s'engage depuis des années pour la commémoration de la catastrophe du Joola, le 26 septembre 2002, en lançant des événements et des projets artistiques pour commémorer cette tragédie. Le navire a été lancé en 1990 dans un chantier naval allemand et a ensuite relié la ville de Ziguinchor, en Casamance, à Dakar. Près de 2 000 personnes ont péri dans le naufrage de ce « Titanic de l'Afrique » en 2002. Seules 64 personnes ont survécu à l'accident, dont une seule femme. Le traumatisme du naufrage a été refoulé au Sénégal.
Après de nombreuses années, un mémorial pour les victimes de la catastrophe est en cours de construction à Ziguinchor. Le bâtiment sert à la fois de mémorial et de musée. De 2019 à 2024 Abdoulaye Guissé a été ambassadeur de l’ANFVR-JOOLA.
L'artiste vit aujourd'hui dans le district de Miltenberg, en Basse-Franconie, et à Kafountine, en Casamance, au sud du Sénégal. Il est ainsi devenu un navetteur entre les continents et les cultures.